Zurzeit sieht es so im Rpg aus:
Wegen einem Bombenanschlag auf Konoha wurden Sucherteams losgeschickt um den Attentäter auswendig zu machen.
Die zwei Shinobis Neji und Shikamaru haben eine Spur bis nach Amegakure verfolgt und sich in das Dorf geschlichen.
Der Attentäter, auch Joker genannt, befindet sich zu dieser Zeit tätsächlich in Amegakure, um sich mit dem Anführer von Akatsuki zu treffen und zu verhandeln. Pain ist interessiert an den Fähigkeiten von Joker und organisiert ein Gespräch zwischen ihm und Itachi, der sich als seiner ausgibt.
Nach dem Gespräch Informiert Pain, Itachi über die Eindringlinge und schickt ihn los um sich darum zu kümmern.
Itachi zieht los und sucht Joker um ihn um Hilfe zu erbitten und dadurch zu testen. Auch Hidan schließt sich dem Gespann an und sie fangen nun zu dritt die Besucher ab.
In der Kanalisation von Amegakure kommt es zum Zusammenstoß der beiden Fronten. Zuerst hält sich Itachi zurück, da der kampf ohnehin einseitig war, doch dann bekommt die Konohatruppe unterstützung von einem Shinobi der sich als "Graf" bezeichnet.
Nun ist der Kampf wieder ausgeglichen und die Situation spitzt sich zu, bis auf einmal Pain selbst in den Kampf mit eingreift. Als er mit seinen Shinra tensei angreift, bricht der boden unter den Füßen hinweg und alle Landen viele Meter weiter unten auf dem Boden.
Dort angekommen stehen sie vor einem großen, versiegelten Tor, welches dort wohl schon seit jahrhunderten vor sich hin ruht.
Pain lässt sich nicht lange bitten dieses Tor zu öffnen und er, sowie auch Itachi passieren den langen weg der sich dort hinter versteckt. Die anderen kämpfen währenddessen weiter.
Am Ende angekommen findet Pain eine Person, welche mit riesigen Ketten und vielen Siegeln dort verbannt wurde. Kurz nachdem er die Siegel von der Person entfernt hatte, trifft auch Itachi am Ort des Geschehens ein.
Die Person erwacht und entreißt sich den Ketten. Sein Name lautet Nagashi und er dankt Pain für seine Befreiung. Das Chakra von Nagashi gleicht dem von Pain und dies spüren auch beide (Itachi & Pain.) Daraufhin stellt Pain ihm ein paar fragen, unter anderem auch ob er sich mit Akatsuki verbünden will.
Als Nagashi ablehnt und den Raum verlassen will, Pain jedoch einwände dagegen hat, kommt es zu einem Kampf, dessen Auswirkungen das ganze Dorf gefährden.....